成立之初（1983–1989）
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首尔FC的前身“乐喜金星足球俱乐部”于1983年12月22日正式成立，由乐喜金星集团所有（现名LG集团），以忠清道为根据地。起初球队以“黄牛”为名，缀于球队名之后。乐喜金星集团自1982年起开始实行球队的成立准备工作[7]，最初计划以首尔为根据地[8]。1984赛季是球队的K聯賽处子赛季，但成绩不佳，最终排名第七位，列倒数第二。1985赛季，球队夺得联赛冠军，是为球队首冠。当季乐喜金星阵中拥有泰国国家足球队成员披耶篷·霹雅安，是当季联赛最佳射手及助攻手。
两度搬迁（1990–2003）
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1988年初，乐喜金星队准备搬迁至首尔（时称汉城），于当年开始准备工作[9]。1989年末，考虑到各俱乐部财政问题，K联盟决定邀请各足球俱乐部迁至首尔，因为首都拥有较多的人口与较大的市场。由此乐喜金星队便顺理成章地落户首尔，以东大门运动场为主场。1990年，球队在搬迁阵地之后就立刻获得联赛冠军。1991年，根据LG集团的内部决议，俱乐部更名为LG猎豹。1996年，球队再度被迫搬迁至安养市。根据韩国足协的决议，任何球队被禁止以首尔作为主场，因为较大的市场与人口使得在当地的球队具有很明显的优势，而对他队不公。球队也易名为安养LG猎豹。在接下来几年内，球队的固定球迷班底形成，而他们也与水原三星蓝翼成为宿敌，是为LG与三星电子于各领域竞争的一部分。球队于2000年夺下队史上第三个联赛冠军，当时首尔FC阵中拥有边后卫李荣杓和前锋崔龙洙等著名球员。
回归首尔（2004–）
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1995年，韩国获得了2002年世界杯足球赛的主办权，首尔因此建立起10座新体育场。世界杯结束后，韩国世界杯赛事组织委员会和韩国足协考虑到新场馆的收支问题，决定为新场馆寻找归属球队，因而又支持各俱乐部迁入新场馆。但受到之前首尔禁迁令的影响，首尔世界杯体育场未有球队接手，仅于国际友谊赛时供韩国国家足球队使用。为抵消球场的维持费用，首尔市政府与韩国足协被迫开始寻找有意愿迁入的球队。最初官方倾向建立一支新球會，不过按照规定新球队必须负担部分体育场的兴建费，使得这个计划变得不可行。于是官方开始寻找其他希望迁入首尔的球会。当时的LG安养猎豹由于拥有LG的赞助，且LG亦因搬回首都有助于增加广告效益而支持迁回首尔。2004年2月，安养猎豹迁回首尔，而LG也付了约700万美元的球场费用[10]
2004年6月，LG集团的具氏及许氏两大家族不和，宣布决裂，球队转由许氏家族新成立的GS集团控制。
2009年亚足联冠军联赛，首尔FC于日本大阪萬博紀念競技場对阵日本球队大阪钢巴
2006年12月8日，土耳其教头谢诺尔·居内什（英语：Şenol Güneş）接任球队主教练[11]。2007赛季之初，球队取得一次三连胜，而在与水原三星蓝翼的德比赛事中，球队以4–1大胜对手。而在双方第二回合的交手中，首尔以0－1的比分落败。此后球队更是遭遇了伤病潮，使得首尔未能杀入季后淘汰赛；但是首尔成功打入当年的联赛杯决赛。居内什带队的第二个赛季，球队出现了改变。尽管主力前锋朴主永转会至法甲球队AS摩纳哥，首尔仍依靠李青龙、奇诚庸和黑山前锋德扬·达米亚诺维奇等球员的出色发挥，得以夺得亚军，在冠军赛中被水原击败。球队因此获得2009年亚足联冠军联赛的参赛席位[12]。
在2009年亚足联冠军联赛小组赛中，首尔首战4－2战胜了印尼球队斯里维加亚，随后便遭遇三轮不胜，败给日本球队大阪钢巴，在与中国球队山东鲁能的两回合较量中取得一平一负，出线机会渺茫。但首尔于随后两轮取得连胜，再加上出线竞争对手山东鲁能爆冷败给斯里维加亚，首尔得以“起死回生”，以F组次名自小组出线进入淘汰赛。淘汰赛阶段，首尔在与鹿岛鹿角的两回合较量中以5－4的总比分将之淘汰，进入半决赛[13]。此后首尔以两回合3－4的比分败给卡塔尔俱乐部乌姆沙拉尔，止步半决赛[14]。这是亚足联冠军联赛改制以来首尔于洲际赛场上的首次亮相。
2009年11月25日，居内什返回老东家特拉布宗体育执教[15]。
2009年12月14日，首尔FC任命葡萄牙教练内罗·文加达为主教练。2010年8月25日，首尔以3－0的比分击败全北现代汽车夺得当年韩国联赛杯冠军[16]。联赛方面，首尔FC以20胜2平6负的战绩积62分夺冠，成为2010年双冠王。2010年5月5日首尔FC对阵城南一和天马的比赛中，共有60,747名观众入场观赛，创造韩国体育史上最多现场观赛人数纪录[17][18]。在季后淘汰赛的第二回合比赛，共有56,769人观战，亦创下K聯賽季后淘汰赛入场观赛人数纪录[19][20][21]。整个赛季，共有546,397人次（平均每场32,576人）入场观赛，皆为韩国足球史上最多[22][23][24]。
2010年12月13日，文加达因薪酬分歧未能与俱乐部达成续约协议，最终返回葡国[25]。
2013年，首尔FC闯入2013年亚足联冠军联赛决赛。决赛首回合开赛前，首尔球迷打出“ASIA NO.1”的字样方阵
2012年，前首尔FC前锋崔龙洙出任球队主教练，而他已于先前担任过球队的助理教练和代理主教练，帮助球队完成2011赛季的比赛，获得联赛季军、亚冠16强，前锋德扬打入23球成为射手王。执教期间，崔龙洙追求全攻打法，致力于建立三后卫的完整进攻体系。
2012赛季，首尔FC以29胜9平6负积96分，以领先次名15分的优势夺得联赛冠军。阵中的黑山前锋德扬·达米亚诺维奇持续高光表现，整个赛季共打入31球成为射手王，而哥伦比亚中场毛里西奥·莫利纳（英语：Mauricio Molina）亦录得19次助攻成为助攻王。2012赛季末尾，崔龙洙被评为最佳主教练，德扬被评为当季最有价值球员（MVP），门将金龙大获得联赛特别奖。此外，门将金龙大、后卫阿迪尔森·多斯·桑托斯、中场河大成和毛里西奥·莫利纳和前锋德扬皆入选年度最佳阵容。
2013赛季，首尔获得联赛第四名，前锋德扬再次以19粒进球成为射手王。而在2013年亚足联冠军联赛中，首尔FC表现强劲，以3胜2平1负战绩以小组头名出线，于淘汰赛中先后击败北京国安、吉达阿赫利和德黑兰独立，杀入2013年亚足联冠军联赛决赛。在决赛的较量中首尔FC以2－2的比分与2012年中超联赛冠军广州恒大战平，因客场进球的劣势屈居亚军。这是首尔FC参与洲际赛事的最好成绩。崔龙洙于当年亦被评为亚足联年度主教练。
2014赛季，首尔多名主力离队，后卫阿迪尔森退役进入教练组，中场核心河大成加盟中超俱乐部北京国安，而德扬亦离队加盟江苏舜天。首尔则引进西班牙后卫奥斯马尔·巴尔瓦和巴西前锋埃韦顿·桑托斯填补空缺。最终，首尔获得联赛季军，亚冠联赛中于半决赛为当季冠军西悉尼流浪者所淘汰。2015赛季，首尔获得联赛第四位，但夺得当年韩国足协杯冠军，仍然获得次年亚冠联赛席位，得以连续5年出战洲际赛事。赛季中期，朴主永回归球队，此外首尔亦引进了巴西前锋卡洛斯·阿德里亚诺·索萨·克鲁斯和日本中场高萩洋次郎两位外援。亚冠联赛中于1/8决赛为柏太阳神淘汰。
首尔FC夺得2016年韩国职业足球经典联赛冠军
2016赛季，西班牙后卫奥斯马尔成为球队首位外籍队长。赛季中期，崔龙洙离队加盟中超球队江苏苏宁，由黄善洪接替主教练。崔龙洙离队时首尔排名联赛次席，并已于亚冠联赛中打入8强。
2016年6月21日，首尔FC任命前国脚黄善洪为主教练[26]。7月7日，前国脚郭泰辉回归球队[27]。亚冠联赛半决赛，首尔FC输给国内球队全北现代汽车，无缘决赛。11月6日，黄善洪率队在联赛最后一轮1－0击败全北现代汽车，于积分榜上反超并力压对手夺得队史第六座联赛冠军[28][29]。
黄善洪在2018年4月30日因战绩不佳下课，俱乐部请回原功勋主帅崔龙洙二次执教[30]。